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Les EPC sont des bactéries résistantes à la plupart des antibiotiques de dernier recours, expliquent Mélanie Colomb-Cotinat des Hospices civils de Lyon (HCL) et ses collègues de Santé publique France (SPF) dans la revue de la Société de pathologie infectieuse de langue française (Spilf).

En France, la surveillance des infections à EPC est assurée par trois sources nationales de données, dont le réseau Spares qui en collecte auprès des laboratoires des hôpitaux volontaires. Les laboratoires peuvent également envoyer leurs isolats suspects au centre national de référence (CNR) spécialisé dans les EPC, pour une expertise microbiologique. Enfin, les équipes des établissements de santé sont invitées à signaler les cas d'infection bactérienne à EPC au système de signalement des infections associées aux soins, en utilisant un formulaire de déclaration spécifique.

Ces dernières années, le réseau Spares et le CNR ont documenté une tendance à la hausse de l'incidence de ces infections. Mais comme ces systèmes reposent sur une participation volontaire, la surveillance n'est pas exhaustive.

Ainsi, les objectifs de cette étude étaient de fournir une estimation plus précise de l'incidence des infections liées aux EPC en France en 2020 et d'identifier tout chevauchement entre les trois systèmes afin de déterminer si leur utilisation est toujours utile.

Les données sur les isolats cliniques d'EPC en 2020 ont été extraites des trois bases de données qui ont été fusionnées manuellement, isolat par isolat. "L'absence d'identifiants uniques d'isolats dans les trois ensembles de données rend la tâche de mise en correspondance extrêmement difficile et longue, une étude similaire à la nôtre ne peut pas être répétée de manière routinière", commentent les auteurs.

En 2020, un total de 730 isolats cliniques d'EPC ont été déclarés via le Spares, 863 via le CNR et 469 via le système de signalement. Après appariement, le nombre d'isolats d'EPC signalés était de 1.722 en 2020.

Le nombre total d'infections à EPC a été estimé à 3.287 cas, correspondant à une incidence de 0,031 EPC pour 1.000 jours d'hospitalisation, confirmant que les infections à EPC sont rares, soulignent les chercheurs.

Cette estimation est néanmoins trois fois plus importante que celle faite par le réseau Spares, qui était de 0,013 EPC pour 1.000 jours d'hospitalisation en 2020. Ainsi, "la surveillance de l'incidence basée uniquement sur la surveillance passive des hôpitaux volontaires ne reflète pas de manière appropriée l'épidémiologie réelle", expliquent-ils.

"La meilleure façon de calculer l'incidence réelle serait d'augmenter le nombre de participants au système de surveillance Spares. Nous recommandons donc d'inciter les hôpitaux à participer au système national de surveillance Spares afin d'améliorer le suivi de routine de l'incidence des infections à EPC en France."

Parmi les 1.722 isolats uniques signalés, 1.438 (83,5%) l'ont été dans un seul des systèmes de surveillance, tandis que 228 isolats (13,2%) ont été signalés dans deux systèmes et 56 (3,3%) dans les trois systèmes. Le chevauchement le plus important a été trouvé entre le système de signalement et le CNR (32,8%). Le plus petit chevauchement a été trouvé entre Spares et le système de signalement (14,1%).

En 2020, 521 des 3.915 laboratoires français ont signalé au moins un isolat clinique d'EPC dans au moins un des trois systèmes de surveillance. Parmi les laboratoires participants, 86% n'étaient impliqués que dans un seul des systèmes. Ainsi, "la coexistence de trois systèmes de surveillance différents pour les isolats d'EPC en France semble nécessaire pour surveiller de manière optimale l'épidémiologie des EPC et prévenir la propagation de l'infection en France".

Les auteurs recommandent donc de maintenir les trois systèmes, d'autant plus que leurs objectifs sont complémentaires: maintenir la surveillance épidémiologique à l'échelle nationale avec Spares, assurer l'expertise microbiologique avec le CNR et alerter les établissements de santé avec le système de signalement.

"Les infections à EPC demeurent une menace émergente pour la santé publique en France et des mesures de contrôle strictes, notamment de surveillance, sont toujours nécessaires pour empêcher leur propagation. Cependant, les systèmes de surveillance doivent être régulièrement révisés afin de s'assurer qu'ils correspondent correctement aux situations épidémiologiques actuelles et que la notification des données reste adéquate", concluent les chercheurs.

(Infectious Diseases Now, vol. 55, n°1, n°105016)

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